• la surveillance du respect de la législation nationale et internationale dans le cadre de la santé des consommateurs, de la santé des animaux et des végétaux et du bien être des animaux dans la chaîne alimentaire et l'initiation des personnes contrôlées à ces obligations légales 
• le contrôle, l'examen et l'expertise des produits alimentaires et de leurs matières premières à tous les stades de la chaîne alimentaire
• l'expertise,l'inspection et l'audit de la production, de la transformation, de la conservation, du transport, du commerce, de l'importation et de l'exportation des produits alimentaires et de leurs matières premières, ainsi que des sites où se passent ces opérations
• l'octroi des  agréments et des autorisations aux établissements ou aux personnes développant des activités dans la chaîne alimentaire et leur enregistrement
• l'intégration et l'élaboration de systèmes de traçage et d'identification des produits alimentaires et de leurs matières premières dans la chaîne alimentaire
• le contrôle du bien-être des animaux liés à la chaîne alimentaire, des contrôles phytosanitaires et certains contrôles de qualité dans le secteur végétal. 

L'AFSCA est chargée d’avis scientifiques concernant les dangers liés à l’alimentation, d’informations concernant la sûreté alimentaire, la prévention (éviter des problèmes dans la chaîne alimentaire), et des contacts avec le public.
L’AFSCA intègre en une seule organisation administrative, tous les services de contrôle et d’inspection, du début à la fin de la chaîne alimentaire.

• la réalisation d’une chaîne alimentaire sûre en limitant autant que possible l’exposition des consommateurs et en réduisant les incidents et les crises
• la création d’une image fiable de la chaîne alimentaire, propre à augmenter la confiance des consommateurs
• l’apport d’un cadre juridique stable en contribuant à la simplification administrative
• la recherche de la complémentarité avec les secteurs
• une prestation de services excellente d’un point de vue opérationnel en parvenant à un service public efficace, à l’action transparente.

L' AFSCA rassemble l' ensemble des services d' inspection et de contrôle de la chaîne alimentaire dans le but de veiller à la sécurité de la chaîne alimentaire et à la qualité de nos aliments, afin de protéger la santé des hommes, des animaux et des plantes. Elle dépend directement du Ministre de la Santé publique et est indépendante pour l'exécution de ses contrôles. Les 3 aspects importants sont donc la sécurité alimentaire, les maladies des animaux domestiques, les maladies des plantes .